Με τη βοήθεια μελών του Νεοτουρκικού Κομιτάτου συγκροτεί μυστική οργάνωση, τη Mutafai Milliye, κηρύσσει το μίσος εναντίον των Ελλήνων και σχεδιάζει την ολοκλήρωση της εξόντωσης του ποντιακού ελληνισμού. Αυτό που δεν πέτυχε το σουλτανικό καθεστώς στους πέντε αιώνες της τυραννικής διοίκησής του, το πέτυχε μέσα σε λίγα χρόνια ο Κεμάλ, εξόντωσε τον ελληνισμό του Πόντου και της Ιωνίας.
Η τρομοκρατία, τα εργατικά τάγματα, οι εξορίες, οι κρεμάλες, οι πυρπολήσεις των χωριών, οι βιασμοί, οι δολοφονίες ανάγκασαν τους Έλληνες του Πόντου να ανέβουν στα βουνά οργανώνοντας αντάρτικο για την προστασία του αμάχου πληθυσμού. Τα θύματα της γενοκτονίας θα ήταν πολύ περισσότερα, αν δεν υπήρχε το επικό και ακατάβλητο ποντιακό αντάρτικο. Με την επικράτηση του Κεμάλ, οι διωγμοί συνεχίζονται με μεγαλύτερη ένταση. Στήνονται στις πόλεις του Πόντου τα διαβόητα έκτακτα δικαστήρια ανεξαρτησίας, που καταδικάζουν και εκτελούν την ηγεσία του ποντιακού ελληνισμού. Το τέλος του Πόντου πλησιάζει. Οι φωνές λιγοστεύουν. Η γενοκτονία των Ελλήνων στον Πόντο υπήρξε το αποτέλεσμα της απόφασης των Τούρκων εθνικιστών για επίλυση του εθνικού προβλήματος της Οθωμανικής Αυτοκρατορίας με τη φυσική εξαφάνιση των γηγενών εθνοτήτων.
Η μοίρα αυτή απετράπη με ένα εξαιρετικά οδυνηρό τρόπο: με τις; γενοκτονίες των χριστιανικών λαών, Ελλήνων και Αρμενίων, με την υποχρεωτική έξοδο όσων επιβίωσαν και με τη βίαιη τουρκοποίηση των μουσουλμανικών εθνοτήτων, όπως οι Κούρδοι, που συνέχισαν να παραμένουν στην τουρκική, πλέον, επικράτεια. Οι Έλληνες στον Πόντο ανέρχονταν σε 700.000 άτομα την παραμονή του Α' Παγκοσμίου Πολέμου. Μέχρι το τέλος του 1923 είχαν εξοντωθεί 353.000 άτομα. Ακολουθεί μαρτυρία ενός αυτόπτη μάρτυρα. Ενός ανθρώπου που έζησε τη μεγάλη ανθρωποσφαγή. Στις 19 Μαΐου 1919 ο Μουσταφά Κεμάλ (Ατατούρκ) αποβιβάστηκε στη Σαμψούντα με αποστολή να αναλάβει τη διοίκηση δύο σωμάτων στρατού στην Ανατολία. Από τη μέρα αυτή ξεκινά η επισφράγιση και η κορύφωση της γενοκτονικής συμπεριφοράς των Τούρκων κατά των Ελλήνων του Πόντου, που είχε αρχίσει ήδη χρόνια πριν.
Οι Πόντιοι θύματα των σατανικών στόχων του νεοτουρκισμού και του κεμαλισμού, σφαγιάστηκαν για μια Μ. Ασία καθαρά τουρκική απαλλαγμένη από μειονότητες. Η κατάληψη της Τραπεζούντας από τους Ρώσους και η δημιουργία των ελληνικών αντάρτικων ομάδων χρησίμευσαν στους κεμαλικούς ως πρόσθετα προσχήματα, για να εξαφανίσουν ό,τι ελληνικό απόμεινε. Από νήπια ως γέροντες μεταφέρονται νηστικοί από τόπο σε τόπο.
Η εξαθλίωση του ελληνικού πληθυσμού έγινε συχνότατα αντικείμενο εκμετάλλευσης από τους Τούρκους. Χαρακτηριστικό παράδειγμα ο Τοπάλ Οσμάν, δήμαρχος Κερασούντος, δεν άφηνε τίποτα όρθιο. Μόλις 4.000 από τους 14.000 Έλληνες της πόλης κατάφεραν να επιβιώσουν.
Μετά τον Μάϊο του 1919, υπό την καθοδήγηση του Μουσταφά Κεμάλ, Τσέτες, που κατά κύριο λόγο προέρχονταν από την τάξη των ληστών, εντάχθηκαν στην τουρκική χωροφυλακή και προέβησαν σε πλήθος φρικαλεοτήτων σε βάρος των Ελλήνων.
Ακόμα και ο Τζεμάλ Νουζχέτ, νομικός σύμβουλος του φρουραρχείου Κωνσταντινούπολης και πρόεδρος της εξεταστικής επιτροπής της σουλτανικής κυβέρνησης του Φερίτ Πασά, αποδοκίμασε έντονα τις πρακτικές του Κεμάλ καταγγέλλοντας ότι χιλιάδες Έλληνες κάηκαν ζωντανοί μέσα σε ναούς, γυναίκες βιάστηκαν, περιουσίες λεηλατήθηκαν, και γενικά το 90% των Ελλήνων είχε εξοντωθεί. Ευρωπαϊκές κι αμερικανικές ανθρωπιστικές οργανώσεις και προξενικές αρχές επιβεβαίωσαν τις καταγγελίες.
Η εφημερίδα Τelegraph σε άρθρο της στις 17/5/1922 περιγράφει τη διαμαρτυρία της ουκρανικής διπλωματικής αποστολής, που πέρασε μέσα από τη Σαμψούντα καθ οδόν προς την Άγκυρα, για τις φοβερές σκηνές που διαδραματίστηκαν μέσα και γύρω από την πόλη, για τις βιαιοπραγίες και τα πτώματα των ανδρών, των γυναικών και των παιδιών που κείτονταν στο δρόμο, πολλά εκ των οποίων έφεραν και σημάδια βιασμού.
Συνολικά, μέχρι την αναγκαστική ανταλλαγή, πάνω από 350.000 Πόντιοι βρήκαν οικτρό θάνατο από τους Νεότουρκους στις πόλεις και τα χωριά, στις χαράδρες και τα βουνά, στις εξορίες και τις φυλακές.